به گزارش آوای خزر، نام این کلیسا به یادبود اولین شهید مسیحیت یعنی استپانوس مقدس نامگذاری شده است که در قرن اول میلادی به دست مخالفان خود سنگسار شده و به شهادت رسیده است . درخصوص تاریخ ساخت این بنا روایات مختلف است . به شهادت برخی از مورخین ارمنی این کلیسا توسط یکی از ۱۲ حواریون حضرت عیسی به نام بارتلموس مقدس در قرن اول میلادی بنا شده است